Turun Biotiedekeskus hakee määräaikaista postdoc-tutkijaa bioinformatiikan alalle osaksi vahvasti monitieteistä syöpätutkimusympäristöä.
Valittu hakija liittyy Soluadheesio ja syöpä -tutkimusryhmään (https://ivaskalab.utu.fi), jota johtaa professori Johanna Ivaska. Tehtävässä postdoc-tutkijalla on keskeinen rooli tutkimusryhmässä tuotettujen erilaisten omiikka-aineistojen analysoinnissa ja integroinnissa. Työn keskeisenä tavoitteena on analysoida laajoja ja monimutkaisia aineistoja osana ryhmän tutkimusta – testattavien hypoteesien muodostamiseksi tiiviissä yhteistyössä kokeellisten tutkijoiden kanssa – sekä kehittää, optimoida ja sujuvoittaa datojen analysointia. Tähän sisältyy myös sellaisten työkalujen kehittäminen, jotka ovat helposti käytettävissä biologeille ilman aiempaa bioinformatiikan tai ohjelmoinnin osaamista.
Soluadheesio ja syöpä -tutkimusryhmään kuuluu 18 kansainvälistä tutkijaa Turussa, mukaan lukien postdoc-tutkijoita, väitöskirja- ja maisteriopiskelijoita, teknistä henkilökuntaa sekä tutkimuksen tukipalveluiden edustajia. Hyödynnämme laajaa ja jatkuvasti kehittyvää kokeellisten ja laskennallisten menetelmien kirjoa ja tuemme vahvasti osaamisen kehittämistä, monitieteistä oppimista ja tieteellistä itsenäisyyttä. Ryhmän jäseniä kannustetaan laajentamaan asiantuntemustaan, osallistumaan tutkimusprojektien suunnitteluun ja vaikuttamaan aktiivisesti oman tutkimuksensa suuntaan yhteistyöhön perustuvassa ja kannustavassa ympäristössä.
Tehtävä painottuu äskettäin rahoitetun ERC Advanced Grant -hankkeen BorderControl tavoitteisiin. Työ tehdään tiiviissä yhteistyössä eri alojen tutkijoiden kanssa. BorderControl-hankkeen tavoitteena on määrittää ne molekyylitason signaalit, joita syöpäsolut tarvitsevat ylittääkseen fysiologisia kudosrajoja, jotka normaalisti ylläpitävät kudosten rakennetta ja homeostaasia. Tutkimuksessa kartoitetaan kasvaimen ja strooman rajapintaa ja siinä paikallisesti invaasiota sääteleviä reseptori–ligandivuorovaikutuksia. Lisäksi käytämme innovatiivisia lähestymistapoja, kuten mikrofluidiikkaan perustuvaa kuvantamista, yksittäissolu- ja spatiaalista profilointia (esim. scRNA-sekvensointi, massasytometria, spatiaalinen transkriptomiikka), synteettistä biologiaa, sekä dynaamisesti säädettäviä monisoluisia migraatioalustoja syöpäsolujen rajanylitystapahtumien havaitsemiseksi ja karakterisoimiseksi. Löydösten kliinistä merkitystä arvioidaan potilasnäytteiden ja suunniteltujen kudosmikrosirujen avulla tiiviissä yhteistyössä kliinikoiden ja ulkopuolisten asiantuntijoiden kanssa.
Lisätietoja tutkimusryhmästämme, tutkimuksestamme ja rahoituksestamme löydät osoitteesta https://ivaskalab.utu.fi.
Etsimme bioinformaatikkoa, joka nauttii työskentelystä laskennallisten menetelmien ja kokeellisen biologian rajapinnassa. Aiempi käytännön kokemus laboratoriossa työskentelystä ja kokeellisesta tutkimuksesta katsotaan eduksi, sillä se helpottaa yhteistyötä kokeellisten tutkijoiden kanssa, mutta se ei ole tehtävän edellytys.
Keskeisiä tehtäviä ovat:
- koneoppimismenetelmien kehittäminen ja soveltaminen biolääketieteellisiin tutkimuskysymyksiin
- erilaisten omiikka-aineistojen analysointi, mallintaminen ja integrointi (esim. spatiaalinen transkriptomiikka [Visium HD ja Xenium], scRNA-sekvensointi, bulk RNA-sekvensointi, proteomiikka, multiplex-immunohistokemia sekä julkisesti saatavilla olevat aineistot)
- potilaskohorteista peräisin olevien näytteiden analysointi, mukaan lukien mikroskooppikuvat
- alan nopeasti kehittyvien menetelmien seuraaminen ja soveltaminen
- yhteistyö biolääketieteellisten tutkijoiden kanssa löydösten biologisen ja lääketieteellisen merkityksen arvioimiseksi
- tutkimustulosten julkaiseminen kansainvälisissä tieteellisissä lehdissä ja esittäminen konferensseissa
- osallistuminen kansallisiin ja kansainvälisiin yhteistyöverkostoihin
Tehtävä tarjoaa erinomaisen mahdollisuuden syventää osaamistasi bioinformatiikan ja syöpäbiologian rajapinnassa. Lisäksi tiivis yhteistyö kliinikoiden ja muiden akateemisten tutkimusryhmien kanssa edellyttää hyviä viestintätaitoja, joustavuutta ja oma-aloitteisuutta, jotta nopeasti kehittyviä menetelmiä voidaan hyödyntää hankkeen tavoitteiden edistämiseksi.
Vaadittavat ominaisuudet
- tohtorin tutkinto bioinformatiikassa, tietojenkäsittelytieteessä, data-analytiikassa tai muulla soveltuvalla alalla; myös biologit tai biokemistit, jotka ovat kouluttautuneet bioinformatiikan pariin, huomioidaan. Myös väitöskirjatyönsä loppuvaiheessa olevat hakijat huomioidaan
- kokemusta erilaisten biologisten aineistojen analysoinnista (esim. genomiikka, transkriptomiikka tai proteomiikka)
- ohjelmointitaitoja (esim. R, Python)
- kyky työskennellä sekä itsenäisesti että yhteistyössä monitieteisessä tutkimusympäristössä
- oma-aloitteisuus ja itsenäinen työote
- hyvät viestintätaidot
- hyvä suullinen ja kirjallinen englannin kielen taito
Eduksi katsotaan:
- kokemus koneoppimisesta, syväoppimisesta tai menetelmäkehityksestä bioinformatiikassa
- kokemus solubiologiasta
- alan kannalta relevantit julkaisut vertaisarvioiduissa tieteellisissä lehdissä tai esijulkaisupalveluissa, kuten bioRxiv
- kokemus edistyneestä valomikroskopiasta ja kuvien analyysistä
Tehtävän kelpoisuusvaatimukset on määritelty Turun yliopiston johtosäännössä. Tutkijatohtorin tehtävään valittavalta edellytetään tohtorin tutkintoa sekä kykyä tehdä itsenäistä tieteellistä tutkimustyötä. Mikäli väitöskirjatyö on vasta loppuvaiheessa, tehtävänimike on aluksi lyhytaikaisesti projektitutkija. Projektitutkijalta vaaditaan ylempi korkeakoulututkinto (maisterin tutkinto).
Valintakriteerit perustuvat periaatteeseen, jossa etsitään paitsi pätevintä myös tehtävään parhaiten soveltuvaa hakijaa. Käytännössä tämä tarkoittaa, että koulutuksen, julkaisujen ja työkokemuksen lisäksi arvioidaan myös henkilökohtaiset ominaisuudet, viestintätaidot, motivaatio sekä muut tehtävän kannalta olennaiset tekijät.
